La cripta di San Sabino è, come San Gregorio e San Ponziano, a tre colonne e  quattro navate. Altre due colonne sono nell’abside, una inglobata nel muro.

La particolarità, non riscontrabile altrove, è che l’altare non è nella stessa posizione di quello maggiore, cioè fronte alla porta di entrata, ma al contrario.

Vi è un sarcofago ed un reliquario con alcune reliquie del Santo titolare, il cu corpo, come noto, è ad Ivrea, città della quale è patrono. Nel 956, il marchese Corrado d’Ivrea decise di traslare le reliquie in Piemonte per liberare la città da una grave epidemia di peste.

La tradizione vuole che la colonna centrale, con due fori, è quella dove fu frustato San Sabino fino a morirne.