La cripta di San Giovanni e Paolo secondo alcuni non è una cripta. Sono sostruzioni di epoca romana usate per elevarvi la chiesetta.

In ogni caso oggi consideriamo questo piccolo ambiente, trasversale e non longitudinale alla chiesa, una cripta.
Vi è la riproduzione di una lunetta del “Il martirio dei Santi Giovanni e Paolo”, oggi conservata nel museo nazionale del Ducato, alla Rocca.
Vi si vede Giuliano l’apostata che ordina il martirio per decapitazione.