Il bellissimo pavimento è fatto di tessere di porfido e serpentino. Ma è diverso tra le parti laterali e quella centrale.

La parte centrale è ancora quella romanica cosmatesca, e giunge oltre la quinta colonna, per poi lasciare luogo ad un riquadro di fronte al transetto, di epoca successiva, con tre "quincumx", cioè cinque ruote, quattro ai lati ed una centrale, che si annodano l'una sull'altra. In realtà il primo incrocia una quadrato alle quattro ruote, ma il motivo stilistico richiamato è il medesimo.

Un'altra zona della navata centrale persenta plutei di reimpiego, a motivi floreali, ancora un quincumx ed uno stemma ormai consunto.

Le laterali sono opera di Matteo Balsimelli da Settignano (il "rosso"), che le ha disegnate a partire dal 1470, usando rombi bianchi e rossi. A sinistra v'è una zona a fiori, precedente all'opera del Balsimelli e da questi rispettata.

I pavimenti laterali sono fiancheggiati dalla sequela di tombe a pozzetto numerate, installate a partire dal 1479.