La cripta si trova, ovviamente, sotto il presbiterio della Chiesa di S. Gregorio, che è rialzato, per cui essa non scende molto in profondità.

Si raggiunge tramite due scalinate laterali, è' sorretta da colonne di spoglio, diverse tra loro, che la dividono in tre file e cinque navate. E' tutt'ora usata per le celebrazioni.

Contiene il sarcofago di Santa Abbondanza (vedi) e un'altra cripta (vedi "cripta dei diecimila martiri").