L'altare è costruito sopra e intorno ad un pietra blu, che reca, in latino, la scritta "San Giovanni Vescovo di Spoleto e Martire".

Le scritte sulla navata destra ci informano che, sotto questo altare, riposano i resti mortali di San Giovanni Vescovo, appunto, e di San Pietro Vescovo.

Secondo la tradizione vi è anche un anello delle catene che strinsero le caviglie di San Pietro Apostolo. Pare che nel V secolo il Vescovo di Spoleto, Achilleo, portasse da Roma questa reliquia, forse un anello vero e proprio, forse solo dei pezzetti o, addirittura, la limatura.