Giovanni Merlini nacque a Spoleto il 28 agosto 1795, in vicolo Apollinare, terzo di tredici figli.
Era di famiglia di origine siciliana ed  agiata: il papà, Luigi Merlini, aveva un negozio di drogheria e pasticceria che andava molto bene, tanto che  poté acquistare, nel tempo,  diversi appartamenti. Nonostante fosse il Camerlengo della confraternita di Santa Croce non era molto favorevole alla carriera religiosa che Giovanni si apprestò a svolgere, dopo le prime frequentazioni dell'oratorio dei Filippini (vedi).

Giovanni venne comunque ordinato sacerdote il 19 dicembre 1818.
Il 6 luglio del 1820, a Giano dell’Umbria, nell’abbazia di San Felice, incontrò San Gaspare del Bufalo. Ne divenne discepolo ed entrò a far parte della "Congregazione dei Missionari del Preziosissimo Sangue".
Nel 1824 convinse i briganti del basso Lazio a pentirsi ed a chiedere la Grazia al "Papa Spoletino" Leone XII (vedi).Fu Superiore e architetto progettista di molte case dell’Istituto. Aveva una vena artistica nel realizzare crocifissi.
Fu eletto, come successore di San Gaspare, "III moderatore generale della Congregazione" nel 1847, e per 26 anni la diresse. Fu consigliere di Papa Pio IX, cui fece anche visita durante il soggiorno a Gaeta.
Morì il 12 gennaio 1873, in circostanze misteriose. Fu investito, vicino alla chiesa ove ora riposa, da una carrozza a cavalli. Secondo alcuni testimoni l'investimento non fu causale: avvenne perché un vetturino, animato da profondo odio anticlericale, avendo visto il sacerdote, sarebbe partito all'improvviso dall'area di sosta della carrozze ed avrebbe  spronato i cavalli per travolgere il prelato. Prima di morire, sul selciato ghiacciato, Don Giovanni Merlini perdonò con carità cristiana il cocchiere che l'aveva travolto.
È stato dichiarato "Venerabile" da Papa Paolo VI e, il 23 maggio 2024, "Beato" da Papa Francesco I.

Le sue spoglie riposano in Santa Maria in Trivio, al tempo Casa Generale della Congregazione a Roma. La Chiesa si trova in Piazza dei Crociferi 49, sul lato sinistro della Fontana di Trevi.

Nelle foto della scheda il primo sepolcro, che era a sinistra della porta di entrata, ed il secondo, ove fu spostato dopo la beatificazione, a metà della parete destra.